处理双方宅基地纠纷的方法有以下几种：
协商解决
双方应首先尝试通过协商来解决问题。在协商过程中，双方需要理性分析问题，尊重历史遗留问题，并准备充分的证据材料，如原始的宅基地分配文件、图纸、土地使用权证明等。如果协商达成一致，应签订书面协议，以确保双方履行承诺，并为日后可能出现的纠纷提供法律依据。
行政解决
如果协商无果，任何一方都可以向当地的乡（镇）政府或土地管理所等受理机关提出处理申请。申请应以书面形式提交，内容包括双方的基本信息、纠纷的具体事项及要求，并附上相关证据和示意图。受理机关在接到申请后，应在规定时间内决定是否受理，并进行调解。如果调解无效，受理机关应作出处理决定。
司法解决
当事人对行政处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院提起诉讼。司法解决是最终的解决方式，法院将依法对宅基地纠纷进行审理并作出判决。
建议
尽量协商：在处理宅基地纠纷时，首先应尝试通过协商解决问题，因为这种方式最简单、最有效，也有助于维护邻里关系。
准备充分：在协商或申请行政处理时，应准备好所有相关的证据材料，以便在需要时能够提供有力的支持。
尊重历史：在处理纠纷时，要尊重历史事实和原有的分配方式，避免一味追求个人利益。
及时求助：如果协商无果，应及时向政府相关部门求助，以便尽快解决问题。
通过以上方法，可以有效地解决双方宅基地纠纷，维护各自的合法权益，同时也有助于维护农村社会的和谐稳定。
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